清水観音堂は、寛永8年（1631）に天台宗東叡山寛永寺の開山、慈眼大師天海大僧正（1536～1643）によって建立されました。　天海大僧正は寛永2年（1625）に、二代将軍徳川秀忠公から寄進された上野の山に、平安京と比叡山の関係にならって「東叡山寛永寺」を開きました。これは、比叡山が京都御所の鬼門（艮＝東北）を守るという思想をそのまま江戸に導入することを意味し、江戸城の鬼門の守りを意図したのです。そして比叡山や京都の有名寺院になぞらえた堂舎を次々と建立しましたが、清水観音堂は京都の清水寺（きよみずでら）を見立てたお堂です。　清水観音堂は、京都の清水寺の義乗院春海上人から、同寺安置の千手観世音菩薩像が天海大僧正に奉納されたことにちなみ、清水寺と同じ舞台作りで、初めは上野公園内の「擂鉢（すりばち）山」に建てられました。　しかし元禄初期、今の噴水広場の地に、寛永寺総本堂の根本中堂建設が決まると、その工事に伴って元禄7年（1694）9月に現在地に移築されました。　上野の山に現存する、創建年時の明確な最古の建造物です。　浮世絵の左にある月の松は明治の初めころに台風で折れてしまいましたが、平成24年〈2012〉に復活されました。

上野恩賜公園内にある東叡山の根本中堂、上野東照宮 、上野清水堂 、西郷銅像地、上野池之端弁天堂、両大師、谷中天王寺などは寛永寺根本中堂の庶務課が管理しているそうです。